杜舟的BLOG

第一篇文章被接受了

2009-05-13T21:30:00.000-07:00

嗯啊，文章<>终于被接受了，凌老师已经把版面费交上了，估计这事就算成了~写写博客纪念一下这段历程。
好吧，文章能发出乎我的意料，我个人是不太看好的。记得还是研一的刚开学的九月份吧，苏老师找我谈话，大体意思是看我最近很闲，给我布置个课题，就造个杨树的泛素数据库，说要是速度快，也许能发个小文章，作为毕业论文的一部分。当时刚开始接触生物信息，是两眼一抓瞎，老板说干啥就干啥喽，心中也小希翼一下，心想这就有能发文章的课题了。也没有想到这一作就是一年半，期间断断续续，波折不断。
嗯，老板布置课题的时候就几句话，现在还在我记录本上呢，我看了看大抵就是一句话：做个数据库，杨树的，关于泛素的。之后我就开工了~最开始的情况我现在记忆还是很清楚的，概括的说就是啥也不懂，啥也不会，多亏有ll同学的一个拟南芥泛素数据作为模本，我模仿着来做。但是跟拟南芥有现成的数据不一样，杨树可没有，所以问题还是很大的。于是请教各位师兄，也发现了还是XZ靠谱，无所不知啊，生物信息工具熟得很。
好吧就这么做吧，迷迷糊糊一边啃各种书，一边瞎做。影响很深地是两点，一是我计算机基础实在不敢恭维，需要用到的技术全是零起点，这令我很自卑啊~非常羡慕学计算机出生的，也一度非常彷徨啊~二是我对泛素降解这个系统也是很陌生的，嗯，然后疯狂地读paper，跟这个系统相关的文章我分门别类的收集了100多篇，大部分就是看了看摘要粗略地瞅了瞅，有一些是精读了。当时看得也挺辛苦的，熬夜来看，搞得黑白颠倒，生物种混乱。我想客观地说看这些文献对于展开思路还是很有帮助的，后来文章中的一些工作和方法都是从文章中学来的。结果在研一的第一个学期，数据库就大概做好了。寒假回家写初稿，嗯，记得当年冬天大雪灾啊，暴冷，打字都不愿打了，呵呵。后来假期回来，有做了点就把这个杨树的数据库---DPUPS给投出去了，投在BMC bioinformatics，编辑把文章转到了BMC genomics。等待期间我就跟着老周做easygo去了。
我个人是对DPUPS不抱希望的，等七月份在家过暑假，review意见回来了，跟我预期的一样，被拒掉了~两个review都是大幅的否定，其中一个说得贼难听了~呵呵，虽然意见中肯吧，但是第一次被人批，心里还是不是滋味啊。我不由想起了老周给我看过的BLAST作者一次报告的PPT中的一幅照片：就是该猛人把BLAST投到某某杂志，结果被人猛K一顿的据信，照片该据信皱巴巴的充分反映出了作者当时心中的愤怒，当然现在人家牛逼了，BLAST牛逼了，所以也算是个讽刺吧。嗯，好吧，扯这个就是说明我也想将来能有这么一天能如此拉风就好，说白了，就是可以装逼~哥也如此这般：底下是万千崇拜者，哥PPT贴上一封别人言辞激烈的据信，然后拽拽地来句：走在科研前段的男人总是为一般人所不理解。这个逼可装大发了~想想都快意啊~好吧，事实是人家没有给我据信，只是一封破email，更加可怕地是人家说得是事实，我没有像之前猛人那样咸鱼翻身的机会。
review给的意见很笼统，所以我也一度想放弃算了，做别的喽，也没指望过这么早发文章。后来一琢磨，干脆一不做二不休，就多整几个物种得了，整个plantsUPS得了。老板也同意。之后就磨磨唧唧磨磨唧唧地干着，期间也怀疑过，但是想着反正就这么最后一折腾也就做下来了。嗯，终于在今年三月份投出去了，算是松了口气。也没多想，心说要是意见回来了，能给改则改，如果又是一通猛批，哼哼，来句狠得，爷不伺候了，不做了~
嗯，等到四月30号一天晚上，忽然收到了老板的邮件，说是好消息，看看了意见，居然出奇地好，只说是语言上需要修改修改，其他都OK。这个完全出乎我的意料啊。然后找公司改了改文章，这周二来信，说是就这么接受了~
好吧，总算是有点小成了~没有发之前，我老跟别人说，无论大小赶紧先整上一篇，所谓手中有文章，心中就不慌。现在手里算是有了一篇了，但是我依然很慌啊~Database的文章科研价值不大，扛不住事啊~手里头的话一大堆的。感觉发了就发了，生活没有什么改变，就跟以前贼想要个笔记本一样，有了笔记本的杜舟就是有笔记本的杜舟。嗯，发了篇小文章的杜舟就是有篇文章的杜舟，日子跟以前差不多，唉，我还在挣扎中~
啰嗦半天，感觉自己不知所云，没什么，谨以此文纪念一下为科研献身的一年半时光，文章没啥可关注的，做文章的日子，才是我想回忆的~

去锣鼓巷

2009-05-13T21:20:00.000-07:00

嗯，这周偷偷去了锣鼓巷。在中央戏剧学院旁边，嗯，本来想看中戏MM的，但是貌似都没有学生出没，影响中就看到了一个身材高挑的美女。话说这巷里老外很多，大概是因为酒吧多，老外都喜欢来此败金。有很多有特色的小店和餐厅，挑了两个有名品尝来着。

这个是个店的招牌小车：
小屋披萨店，MM说有名。我看了看，就是装饰的有些西洋特色。

这个为很有名的奶酪店，中午十二点开门，有很多人排队来买。嗯，还好，但是味道没有惊艳的感觉。

中戏，没进去探索一番~

嗯，不上食物照片了，都是舶来品，跟我们的“吃中国美食，让XZ羡慕去吧！”的政治口号不符啊~

逛西单

2009-05-10T07:58:00.000-07:00

嗯，没有坐班，陪MM逛西单去了。买了些衣服，吃了点东西。嗯，在大悦城吃了桂林人的米线。
这个味道偏咸，腻味死了。

这个还不错。总体来看，我觉得这米线吧，太软，没有嚼头，不Q，不如我们家那边的扎粉来的好吃~~~~嗯，我们的口号是“吃中国美食，让XZ羡慕去”！吼吼！

吃无花果

2009-05-09T08:41:00.000-07:00

嗯，晚上正在宿舍YY我的电脑呢。XZ突然冒出来了，扯淡了两句，扯到我正在吃的无花果了~唉，可怜的XZ居然没吃过，没有童年的孩子啊~（难道XZ小时候就每天在坐班？嗯，搞不好就是这样）
我吃的是一包一包的，小时候吃的无花果，做得跟萝卜丝一样，跟新鲜的无花果完全不一样哦。新鲜的我吃过是一颗一颗的，甜，里头有小颗粒。嗯，下面就是小时候吃着玩的无花果了，萝卜丝状，酸甜，味道一般，就是今天无聊买来扯淡的。嗯，我跟还跟吃客老庞讨论一下，认为这可能不是无花果。我看了看配料表主料是木瓜？！！难道这是木瓜做的？配以无花果为调味，或者干脆这个产品叫无花果？上网一查，有这么一条：“市场上八成的无花果干基本都是用木瓜丝制作的。”我晕倒~哎，无语了~
真正的无花果，味道很好，下次问老庞讨。

神圣之攒钱计划

2009-04-30T01:54:00.000-07:00

嗯，最近做网页发现自己的破本已经是不堪重负啊。记得前段时间重装系统的时候，我无聊用魔法兔子给本本做了个测试，嗯，总分7分，内存得了3.5分，CPU才得1.5分，我faint。这令哥这种计算机潮男很没面子啊。然后想想以后的工作觉得这个本怕是不够使的。所以我打算现在开始攒钱，呵呵，攒到9月到十月份，等搬了新宿舍地方大了，哥就攒个台机。啦啦~嗯，这个计划的代号就叫：神圣之攒钱计划。所以钱是要攒的，吼吼~好盼望9月的到来啊~~~~~~

去天坛放风筝

2009-04-28T07:15:00.000-07:00

今天天气还不错~哥又翘班了，去天坛放风筝玩。说到这里哥很有感触啊，想还是XZ当年牛逼，从来不翘班，一年365天，有360天准时坐班，还有5天是去听学术报告了~令人敬佩啊，尤其是当年在环境非常差劲的农学楼，依然坚持确实是牛逼，堪称刻苦工作地典范~所以人家现在是大神级人物~嗯，但是XZ走后，就没有什么人能按时坐班，反倒是某天我八点半到了，众人皆惊我来得如此之早，搞得我还小不好意思一下~风筝印有拉风的奥特曼，管盖盖借的。嗯，客观的讲我确实是不怎么会放，搞得都是MM放到了天上，然后我再接过风筝来玩，这个比较惭愧~顺便还逛了逛天坛的回音壁什么的，想着以后怕是不会再来了，所以出门票外又买了联票去看，结果证明很不值，天圜就是高坛，上面有块圆石板，且是后来添上的，回音壁都被栅栏挡住了不准碰，靠，哪还回个屁啊，整个就是看了个圆形围墙及其上各地人名涂鸦。还个什么殿，修得倒是不错，就是长龙一般的队伍，搞得多看了都觉得不好意思，所以人都是：排队->门前拍照->探望一眼->走人。无语~嗯，最后临走前发现一个放风筝人聚集地，然后放风筝还是很好玩的，看我的奥特曼在天空中翱翔~~~~如果线在长些，必定也是首都一道亮丽的风景线啊~

累啊，先挖个坑

2009-04-23T09:37:00.000-07:00

想说说上次处理easygo的惊险历程~

吃洋妞涮肉

2009-04-21T07:05:00.000-07:00

嗯，这个地方以前实验室聚餐来过，但是这个地方不便宜，除非有优惠券。赶巧实验室某D同学充分发扬春天春心荡漾的风采，请一MM吃，花了两百多，得了两优惠券，而优惠券又为我所得。我和猫就气势汹汹的去了，立下决心必吃两百。
一上来就是一通瞎点，第一次肆无忌惮的点饮料，仿佛花的是公款一般~本来要想拍照，然后show给老周看的，结果忘带照相机了。后来没吃完的部分打包回去，然后才拍了照，恐怕是起不到炫耀的效果了，但是还是先上了照片吧。恩，我们口号是：吃中国美食让XZ羡慕去吧！

我的作品

2009-04-18T05:46:00.000-07:00

恩，最近在上网页美工班，有一些做得事例，这张哥比较满意。恩，充分展示了自己艺术天赋。佩服自己～

吃湘菜

2009-04-12T08:01:00.000-07:00

千里迢迢地跑到宜春驻京办，想吃家乡菜，结果说要招待领导，不能对外服务，FUCK！我靠，太不给哥面子了，我非常的愤怒了，结果只好随便找了个湘菜馆吃湘菜。
要了个油焖烟笋，还有一个家乡小炒肉。味道还比较好。嗯，我们现在的口号是吃中国美食，让XZ羡慕去吧！

人应该立鸿鹄之志

2009-04-08T08:19:00.000-07:00

恩，俗话说不想当元帅的士兵不是好士兵。人应该活出人生的价值来，而一个人的人生价值又很大程度上取决于他的阅历，站得高才能看得远！
我要立鸿鹄之志，只有心中有了钢铁一般的意志才能真正成为一个伟大的人。嗯，我打算利用今后的三年时间尽量品尝祖国大江南北的特色！
嗯，我下定了决心，就先从江西才开始吃起！这周先去袁州区驻京办！
饕餮与我同在！

春游玉渊潭

2009-04-06T07:19:00.000-07:00

嗯，陪猫去玉渊潭了，想赏樱花来着~

风景还是可以的，就是感觉去的还是早了一点哦，花没有全部开，不然应该更好~

心中有无名业火啊～

2009-03-17T09:13:00.000-07:00

好烦哦，所谓SB年年有，今年特别多。恩，是啊~为什么我身边这么多SB呢，哼，我极度鄙视。我要大声呼喊：统统给我闪开，思想有多远就给滚多远！！！
不过感觉最近自己沉不住气了，心中老是烦躁，离奇的愤怒，这样是不好的～
以后我要冷静，要冷静！
要心态平和！
要低调，做人要低调！切记，低调作人，高调做事！！！
退一步海阔天空！
我的春天就会来到的！
呼啦啦～～～～～～～～～

恩，楼下那个坑我是不打算填。

2009-03-15T21:02:00.000-07:00

恩，事实上我都忘记当初想说什么了～

没文化真可怕

2009-02-24T22:35:00.000-08:00

恩，先挖个坑，等有空了来填～

闲说杂事

2009-02-24T06:28:00.000-08:00

恩，现在是晚上10点半了，干活干累了，所以写点无聊的东西打发时间。当然时间也不多，也写不了多少，就是絮叨一些杂事。
先说说今天。今天努力在为EasyGO而奋斗，写脚本。也浪费了不少时间，走了不少弯路，其中一个比较傻比的事情就是在 if 判断的时候把 == 写成了 =，呵呵，结果就不提了，害的我没少抓自己头发。然后忽然担心自己这样老抓头发，将来老了就要秃顶了～唉～
上个礼拜配了副眼镜，花了900大洋，镜框是DKNY的，算是小吐血了。而后忽然心血来潮，报了两个学校网络中心的培训班，花去1000＋＋＋，哎，再次吐血。结果导致身上总共加起来不超过20元，据我估计如果在三日之内（含今天）不发补助，哥恐怕就没饭吃～痛苦啊，搞的今天吃饭的时候我精打细算，肉也没得吃了。
心中有满肚子的牢骚，也不知道如何去发泄，肚子都是火，也不知道怎么排出，真是越长大越烦。呵呵，怕这就是现实吧。但是如今我最想的就是掏出一把AK47或者发出几个龟派气功，海扁一通那些应该打的人，然后再来个元气弹，轰掉半个城市。恩，这样方能让我心爽。
不扯，自己扯给自己看。你说哥的博客为什么就没有人来看啦，恩～～～，莫非是我太低调了？

Linux/UNIX下的有趣命令

2009-02-20T00:24:00.000-08:00

看了点好玩的东西，转载到这里～

yes：输出一串y，有时可以用来对付很多y/n选择的应用
banner：打印字符标题，就是用字符拼出大字来【这个没有弄出来】
ddate：把日历转成什么其他历，Today is Sweetmorn, the 63rd day of Discord in the YOLD 3173
fortune：输出一句话，内容有很多种，据说有唐诗宋词【可能需要安装】
cal 9 1752：打印日历，不过那一个月的有问题，哈，还有个ccal有农历的不知道怎么样了【农历的弄不出来】

cal 9 1752是有历史原因的，以下内容摘自wikipedia
格里历1582年10月15日，合儒略历1582年10月5日，只有意大利、波兰、西班牙、葡萄牙开始用格里历，日期跳过10日。由于新历法是教皇颁布的，新教国家予以抵制。直到18世纪，大英帝国，包括英格兰、苏格兰、以及现在美国的一部份才采纳格里历，也就是儒略历1752年9月2日星期三的次日是格里历1752年9月14日星期四，日期跳过11日。

tac：concatenate and print files in reverse，把文件的行反过来打印
ptx - produce a permuted index of file contents，生成索引？不知道
xev：打印即时的X事件【没弄出来，需要X11吧】
xeyes：出眼睛那个，进X第一都要玩玩吧【需要X11吧】

factor：分解因数
shred：覆盖文件让它不能再读
aptitude moo/apt-get moo -vvvvv：debian搞笑的

去新方

2009-01-29T20:01:00.000-08:00

大早上，恩，九点左右吧，就被老妈大呼小叫，生拉硬拽地给折腾起来了，说是去乡下---新方。其间我多次反抗想赖床，没有成功，表过不提～同去的人还有，小舅舅一家，加我和老妈共计5人～汇合之后，打了个黑车就过去了～，现在路很方便，也很好走，不久就到了姨婆婆家。嗯，关于辈份问题，我一直很迷糊，应该是我外婆方面的亲戚的。在姨婆婆家里还可以了，老妈的外婆的照片，人很是漂亮的～

吃的农家饭～

养的鸡鸭～

此狗，乃猎狗也～

左，老妈，右，小舅妈～

现在农村要搞活了，是有钱赚的，这个姨婆婆家就养了很多头猪啊，在自家房子后头开了个小的养猪场，有40头母猪呢。人一进去，猪们就全部哇哇大叫，不知道是什么意思，是要吃，还是生气呢，不知道啊～等我回去了，问问猫，猫应该知道～

在家过年中

2009-01-23T23:32:00.000-08:00

恩，马上过年了。在家蹲。
回家可不容易啊，坐的是硬座，苦闷啊。座位是8号，非常靠头，其实就是在车厢的一顶头，这样有好处也有坏处，好处是上厕所方便，路比较近。坏处是顶头人多啊，且有很多人在车厢间吸烟，那叫一个味啊，可恶！难道就不能不吸烟么，超级反感！上火车前，带了一个口罩，希望可以挡挡，结果发现还是靠不住啊。哎，坐硬座就是苦啊，但是卧铺又没有本事买，可怜。。。
火车上我带了4个麦当劳的汉堡，恩，还挺顶事，末了居然还留了半个没吃完。倒不是不饿，主要是连吃三个汉堡之后实在是吃腻了。结果肚子也饿，也渴，就是不想吃不敢喝水（怕上厕所）。呵呵，反正也是熬过来了，下了车在忆苦思甜，还是蛮威风的。
在家里过年实在是无聊啊，一到家人就懒散掉了，打不起工作的精神头来。就觉得啥也不想玩，啥也不想干，就想找个地方一躺。而且也特别能睡，一睡就是十点起啊~恩，没有猫猫在身边也是不适应，心里有多个牵挂。本来猫就笨，我要不在，怕是很可怜，说不定就要饿死街头啊。
现在就是感觉心中有团火，着急啊，看师兄都有个好着落了，心急啊，眼馋啊，也指望自己能赶紧发文章。但是发文章这事吧，不是说搞就搞得定的，我现在火候还不到啊，空有欲火，没能力啊，非常之惨。也就希望明年本历年，能够牛一把，让我手中有paper，心中不慌啊～
恩，虽然知道没人看我的博客，但是还是要祝福大家在牛年里，牛气冲天啊，以我为代表的牛起来！哈哈，还要祝猫更加漂亮，一切顺利～

Read a paper from Lincoln D Stein

2008-12-26T22:47:00.000-08:00

Read a opinion paper from Lincoln, 'Bioinformatics: alive and kicking'. Lincoln now is now in Canada.
His genome browser is now widely used.
In this paper he threw out his new opinion about bioinformatics: " Stronger than ever", however he predicted the bioinformatics would gone in 2012 six years ago.
One important idea in this paper is that he now suggests a mode of combination of web lab and dry lab. That is actually the direction our lab heading to. The thing is that I not against the combination, on the other hand, I do think it is a quite well idea, but I am still not sure the financial support and manpower can be easily satisfied in Chinese, especially our lab.
A good news is my mimosa budded.

冬至日吃饺子

2008-12-20T21:44:00.000-08:00

Xzhou请客，恩，去个小店吃了饺子，同去者还有鱼及其女友，共四人。
老祖宗的智慧就是厉害啊，说冬至，真就是冬至。大风降温啊，白天都在零下7度，风呼呼的～同志们一个个被冻成冰棍了。

搬新实验室喽

2008-12-07T02:18:00.000-08:00

嘿嘿，爽啊～终于搬出了狗窝，进入了新生命科学楼。以前的我待的地方那叫一个糟糕啊：就坐在门口，风吹的是我，被外面噪音最吵的是我，老板推门进来首先看见的是我，反正大多负面的事情首当其冲的是我，是我，都是我～
现在舒服多了，有了一个在角落的靠窗的座。空间大了，旁边有窗户，感觉很好，窗沿上还可以摆一些花花草草的，这个非常棒啊。然后跟实验室（web lab）也分家了。实验室重心估计会继续向那边倾斜，不过都没有关系了。现在我在的房间要安静多了，因为以前骚扰我的大冰箱什么的都被挤在web lab了，哈哈。不过苦了在web lab坐的同志们了～（同情一下）
有机会要把照片放上来的～
恩，希望新环境会有更好的新生活～
哦也～

失望啊

2008-11-16T05:25:00.000-08:00

本来以为会给我买新电脑，结果没有，哎，只是说拨个sun的服务器给我用。那有什么用呢，现在用的机器实在是破啊，无语了。反倒是给小张换了，他的机器坏了。我忽然很希望我的也坏掉。哎，没辙，有些事吧，不能说，暗示了人家装不明白。～

learn more Perl

2008-11-04T08:28:00.000-08:00

I do think I need learn more Perl now. The fact is I lack basic kownledge in programming as a student of biological background. It is true most of my codes are shit, unreadable, not robust and efficient, and hard to maintain.
Thus I am reading the book <> now, hoping I cam improve~
HoHoHo...
GoGoGo!!!

Reading 《Writing and Presenting in the English》

2008-11-02T07:22:00.000-08:00

Today I read a brochure named 《Writing and Presenting in the English: The Rosetta Stone of Science》. It is a very small book.
And I found several interesting points.
1. Using more contemporary writing, and less passive structures. Thus the following verbs should not appear in one's paper frequently:
There: there is, there are, there were, there has been, etc.
It: It was, It is, It has been, etc.
2. transition verbs:
<1>smoothers: furthermore, in addition, first, finally, lastly, moreover, incidentally, in fact, in truth, as a matter of fact, for example, such as, next, then
<2>contradictors: but, however, instead, nevertheless, despite, surprisingly, in spite of, in contrast, for comparison
<3>explainers: because, as a result, therefore, in general, consequently, as predicted, in conclusion, since, as , for, finally
#### dated transitions: as was mentioned earlier, the aforementioned, the authors would like to say. So do NOT use them! ####

science paper from Wen jiabao

2008-10-31T09:23:00.000-07:00

It is at http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/322/5902/649
xzhou told me this thing, and I am reading~
The only thing I hope is that the Chinese government will do something in supporting science development rather than just yelling ~hoho...

换机器有希望了

2008-10-31T06:03:00.000-07:00

写了一封tiling array 分析方法总结给老板，长长的篇幅就为了说明一个问题，哥的台机的内存太小了！效果不错，说让我现先别做了，等搬了新楼给我配新的。不知是真是假，但是还是很高兴啊，心花怒放，得意～

博客第一炮

2008-10-28T21:28:00.001-07:00

内容很简单～就是看看效果，呵呵～